ATTO PRIMO

Parte I
Nel chiostro del Convento di San Girolamo di Yuste nella Estremadura spagnola, nel 1560.
I frati ricordano l’Imperatore Carlo V («Carlo il sommo Imperatore») scomparso di recente e seppellito nel loro convento. Giunge in visita il nipote Carlo, l’Infante di Spagna, il quale pregando sulla tomba del nonno spera di riuscire ad accettare la perdita della donna che ama, Elisabetta di Valois, andata in sposa a suo padre re Filippo II per ragioni politiche. Un anziano frate lo esorta vivacemente a cercare la pace nella vita spirituale e Don Carlo – che con stupore crede di cogliere in lui le fattezze di suo nonno -, ascolta il religioso chiedere perdono a Dio per l’immenso orgoglio dimostrato in vita dall’Imperatore. In quel momento giunge Rodrigo, Conte di Posa e intimo amico di Don Carlo, del quale ha ascoltato di nascosto il doloroso sfogo. Per superare la sofferenza gli propone di sposare la causa del popolo fiammingo: combattendo assieme nelle Fiandre potranno liberarle dall’oppressione del crudele regime imposto dal padre Filippo. I due allora si rinnovano la promessa d’eterna amicizia («Dio, che nell’alma infondere»), ma la disperazione di Don Carlo si riaccende quando vede arrivare suo padre in compagnia della consorte, l’amata Elisabetta.

Parte II
Un sito ridente alle porte del convento di San Girolamo.
In un bel giardino rigoglioso vicino al convento, la Principessa di Eboli s’intrattiene con Tebaldo, altri paggi e alcune dame della regina. In questa atmosfera serena, Eboli intona la Canzone del velo («Nei giardin del bello saracin ostello») in cui si narra la storia di un re moro e del suo corteggiamento di una bellissima donna velata che si scopre poi essere sua moglie.
Giungono anche Elisabetta e Rodrigo, il quale assieme ad una lettera dalla Francia, le passa di nascosto un biglietto di Don Carlo che chiede di vederla. Elisabetta benché turbata dalla missiva, accetta l’incontro. Così Rodrigo allontana dolcemente la Principessa in modo che Don Carlo ed Elisabetta restino soli. L’uomo esordisce pregando la regina di perorare presso Filippo la causa disperata del popolo fiammingo, ma realizzato di esser solo con l’amata, cede alla passione rivelando i profondi sentimenti che ancora prova per lei. La Regina però gli resiste e l’Infante si allontana disperato. Giunge in quel momento Filippo, molto contrariato di trovare Elisabetta sola, così congeda la dama di compagnia, la Contessa di Arenberg, imponendole di tornare subito in Francia. Elisabetta dunque deve separarsi tristemente da lei («Non pianger, mia compagna»).
Filippo resta solo con Rodrigo del quale apprezza il coraggio e questi non perde occasione d’intercedere in favore del popolo fiammingo. Filippo non ascolta affatto quella supplica, piuttosto mette l’uomo in guardia dal Grande Inquisitore: idee così liberali potrebbero costituire una grave colpa per la Chiesa mettendolo in serio pericolo. Intanto però Filippo intende fare del Conte di Posa un proprio alleato e dunque gli confida il suo sospetto: crede che il figlio Carlo progetti di sottrargli Elisabetta e chiede a Rodrigo di tenerli d’occhio per suo conto.

ATTO SECONDO

Parte I
Nei giardini della Regina a Madrid.
Elisabetta, turbata dall’incontro con Carlo, non se la sente di prender parte ai festeggiamenti in suo onore, preferendo rimanere in preghiera assieme a Filippo. Ma perché l’assenza non venga notata, chiede alla Principessa d’Eboli di vestire i suoi panni.
Giunta la mezzanotte, Don Carlo si reca nei giardini poiché ha ricevuto un biglietto anonimo – ma che spera essere della Regina – in cui gli si chiede un incontro. In realtà l’autrice del messaggio è la Principessa, chissà perché convinta che Carlo sia innamorato di lei. L’equivoco è completo quando la Principessa, velata, lo raggiunge in giardino: l’uomo le apre il suo cuore, ma Eboli capisce presto che egli sia convinto di parlare alla Regina di cui è innamorato. La donna, ferita nell’amor proprio, si vendica dicendo di aver udito il “caro amico” Rodrigo e re Filippo parlare di lui in modo sinistro. Giunge il Conte di Posa che ha udito: la Principessa allora svelata la sua identità, minaccia entrambi di rovinarli riferendo ogni cosa («Al mio furor sfuggite invano»). Rodrigo fa per accoltellarla, ma l’Infante lo ferma in tempo e la donna s’allontana infuriata. Rodrigo chiede poi al suo amico di consegnargli eventuali documenti compromettenti; Carlo, che per un attimo ha dubitato della lealtà di Rodrigo, si ricrede e accetta.

Parte II
La grande piazza innanzi a Nostra Donna d’Atocha, basilica di Madrid.
Nella piazza si sta allestendo una catasta per giustiziare i condannati al rogo dalla Santa Inquisizione. Mentre il popolo festeggia, alcuni frati conducono al supplizio i colpevoli («Il dì spuntò, dì del terrore»). Giunge il corteo reale che introduce il Sovrano, il quale parlando al suo popolo gli rammenta di aver giurato, sin dal giorno dell’incoronazione, di mandare a morte tutti i ribelli. Don Carlo irrompe portando con sé dieci Deputati fiamminghi che si prostrano ai piedi di Filippo implorando la pace per il loro Paese. Carlo chiede al re di poter divenire reggente del Brabante e delle Fiandre, richiesta peraltro appoggiata dal popolo e dalla corte. Al netto rifiuto del sovrano, Carlo perde il controllo e sguaina la spada minacciandolo di morte: Filippo si schiera con i frati e chiede aiuto, ma tutti indietreggiano. Solo Rodolfo giunge in aiuto del re, cercando di convincere Carlo a rinfoderare l’arma. Filippo per riconoscenza, promuove Rodolfo a Duca. Ristabilita la calma tutti si dirigono alla cerimonia dell’autodafé, mentre si ode una voce dal cielo che consola i condannati.

ATTO TERZO

Parte I
Nel gabinetto del Re a Madrid.
Alle prime luci dell’alba, Filippo è profondamente assorto in foschi pensieri: il grave atto del figlio contro di lui, la solitudine che lo circonda e l’amore non corrisposto di Elisabetta («Ella giammai m’amò!»). Preso dallo sconforto invoca la morte, poiché solo nella tomba che lo accoglierà all’Escorial potrà trovare un po’ di pace. Entra il Conte di Lerma che annuncia il Grande Inquisitore, il quale chiede a Filippo di mettere a morte sia il figlio Carlo per tradimento sia Rodrigo, le cui idee liberiste sono giudicate pericolose per il potere della Chiesa («Nell’ispano suol mai l’eresia dominò»). Il sovrano tenta di opporsi a quella pesante richiesta, ma la sentenza dell’anziano è irrevocabile. Poco dopo giunge Elisabetta denunciando la sparizione di uno scrigno di preziosi. Filippo trae da un cassetto lo scrigno e con sdegno l’accusa di adulterio poiché tra i gioielli ha trovato un ritratto di Carlo. Invano la donna si proclama innocente, ma il marito la incalza così violentemente da farla svenire. Il sovrano allora capisce di aver accusato ingiustamente sua moglie e chiede aiuto; accorrono Eboli e Rodrigo e mentre i due uomini si allontanano, la Principessa soccorre Elisabetta che rinviene. Eboli allora le confessa di aver rubato lo scrigno per vendicarsi dell’indifferenza di Carlo e consegnandolo a Filippo intendeva colpire anche lei, poiché ha intessuto una relazione con il sovrano. Indignata, la regina le impone due possibilità: l’esilio o il ritiro a vita in un convento. Eboli, contrita, dopo amara riflessione sceglie il convento ma vi andrà non prima di aver salvato Carlo.

Parte II
La prigione di Don Carlo, in un oscuro sotterraneo.
Carlo accusato di tradimento viene incarcerato. Dopo poco è raggiunto da Rodrigo che gli spiega di aver usato i documenti compromettenti per far cadere su di sé tutte le accuse rivolte all’amico. Rodrigo sa che presto dovrà morire («Per me giunto è il dì supremo»). Poco dopo infatti giungono due uomini del Sant’Uffizio che giustiziano Rodrigo con un colpo di archibugio, ma prima di spirare questi fa in tempo a riferire a Carlo che l’indomani Elisabetta lo aspetta al convento di San Girolamo. Mentre Carlo piange disperato il suo amico, entra Filippo per rendere al figlio la libertà. Carlo lo respinge con ferocia accusandolo della morte di Rodrigo. Filippo si scopre il capo, sinceramente commosso per quell’uomo dimostratosi un amico leale.
Giunge Lerma annunciando lo scoppio di una rivolta popolare per liberare Don Carlo. Di fatto riesce nell’impresa la Principessa di Eboli, che mascherata lo libera di prigione, mentre i ribelli lo scortano fuori. Filippo affronta i rivoltosi che però non lo temono, ma l’intervento del Grande Inquisitore, cui nessuno ha il coraggio di opporsi, metterà fine alla sommossa.

ATTO QUARTO
Al chiar di luna, nel chiostro del Convento di San Girolamo.
Elisabetta, inginocchiata sulla tomba di Carlo V, lo prega d’intercedere in suo favore presso Dio. Giunge Don Carlo per un ultimo saluto prima di separarsi per sempre. Elisabetta esorta Carlo a far vivere gli ideali di Rodrigo e non rendere vana la sua morte, ma gli chiede anche di dimenticarla, sperando che possano riunirsi in cielo. Sopraggiungono l’Inquisitore e Filippo che scoprendoli assieme, reagisce condannando a morte Carlo per alto tradimento. L’Infante indietreggia sino al cancello della tomba dell’Imperatore, che si apre e ne esce un frate. Si tratta in realtà di Carlo V creduto morto, che avvolge uno stupefatto nipote nel suo mantello e trascinandolo con sé gli rammenta che solo in cielo potrà trovare la vera pace.