ATTO PRIMO
In una prigione nei pressi di Siviglia, alla fine del XVIII secolo.
Don Pizarro, governatore della prigione, ha fatto ingiustamente rinchiudere Florestan suo nemico personale, poiché questi ha in passato denunciato suoi illeciti: l’uomo langue da anni in una cella sotterranea ed è quasi in fin di vita. Leonore, moglie di Florestan, decisa a ritrovare il suo sposo si finge un ragazzo di nome Fidelio e grazie a questa falsa identità riesce a scoprire che Florestan è rinchiuso proprio nella prigione di Don Pizarro. Cerca allora di conquistare la fiducia del carceriere Rocco nella speranza di salvare suo marito, ma finisce per entrare involontariamente anche nelle grazie di Marzelline, figlia di Rocco, che per tale ragione disdegna la corte del giovane Jaquino, portiere della prigione innamorato di lei. La fanciulla rivela solo al proprio cuore i sentimenti che prova per Fidelio, al quale s’immagina già sposata nella dolce quiete del focolare, ma suo padre ha intuito subito i sentimenti di lei e intimamente approva l’unione. Rocco s’impegna quindi ad assecondare la richiesta fattagli da Fidelio di essere assunto come suo aiutante: Leonore/Fidelio spera così di ritrovare Florestan tra i detenuti, mentre Rocco vuol far conquistare al giovane Fidelio una buona posizione, viste le mire della giovane figlia. Ma per l’assunzione ci vuole l’approvazione del governatore Don Pizarro, il quale giunge circondato dalla sua guardia: legge un dispaccio che annuncia l’arrivo del Ministro di Stato, Don Fernando, il quale intende condurre un’ispezione della prigione. Don Pizarro teme quella visita, tuttavia vuole trarne vantaggio per accelerare la propria vendetta su Florestan, dato che fortunatamente il Ministro crede il prigioniero morto da tempo. Pizarro cerca allora di reclutare Rocco per liquidare in fretta il prigioniero, ma quando questi rifiuta s’impegna a compiere personalmente il delitto, chiedendo però al carceriere di scavare una fossa nel sotterraneo. Leonore/Fidelio ha assistito al dialogo tra i due e capisce che il prigioniero cui alludono è proprio Florestan. Dando sfogo alla propria indignazione, si dichiara più che mai decisa a salvare suo marito. Grazie al buon rapporto raggiunto con Rocco, ottiene da questi che i prigionieri trascorrano qualche momento al sole in cortile, sperando così di vedere tra loro suo marito, ma invano. Così, mentre i prigionieri intonano un canto di riconoscenza alla luce e alla vita, Rocco rivela a Leonore/Fidelio il piano criminoso di Pizarro per eliminare Florestan: la donna allora con il pretesto di aiutarlo a scavare la fossa, segue Rocco nel sotterraneo.

ATTO SECONDO
Nelle segrete della prigione.
Incatenato e avvolto dal tetro squallore della sua cella, Florestan ripensa a quanto sia precipitata la sua esistenza negli ultimi anni, sebbene non sia affatto pentito di aver compiuto il suo dovere denunciando le malefatte del governatore. Così mentre si sente lentamente scivolare verso un torpore che somiglia sempre più alla morte, ha una visione della sua sposa Leonore che giunge a salvarlo. Proprio in quel momento Rocco e Leonore/Fidelio scendono nei sotterranei con attrezzi al seguito per scavarvi la fossa e si accorgono che il prigioniero è ancora vivo: la donna riconosce in quell’uomo le fattezze di suo marito e con grande sforzo cerca di dominare le profonde emozioni che prova mentre iniziano a scavare. Intanto Florestan e Rocco scambiano tra loro poche battute e il carceriere mosso a compassione per lo stato così misero dell’uomo, gli offre un po’ di vino per rinfrancarlo mentre Leonore gli porge a sua volta del pane. Il prigioniero è grato per la loro umanità ma non riconosce in quel giovane gentile la sua sposa poiché vestito dei panni maschili di Fidelio, lei però lo rincuora esortandolo a non disperare.
Giunge in gran fretta Don Pizarro armato di coltello con la ferma intenzione di compiere la sua vendetta e mentre si scaglia contro Florestan per ucciderlo, gli rammenta le ragioni del suo odio profondo. Improvvisamente Leonore si frappone urlando: «Uccidi prima sua moglie!», puntando una pistola contro il governatore. I tre uomini così apprendono con sorpresa e sgomento che Fidelio altri non è che Leonore, sposa di Florestan. Si ode uno squillo di tromba che annuncia il Ministro di Stato, Don Fernando, giunto con il suo seguito. I due coniugi sono finalmente salvi, Rocco è sollevato ma Don Pizarro si dispera poiché sa bene che quel suono significa l’inizio della sua fine. Mentre Leonore e Florestan si abbandonano alla gioia del loro insperato ricongiungimento, Rocco annuncia che Don Fernando ha disposto l’immediata liberazione dei prigionieri. A tutti, chiamati a raccolta nel cortile della prigione, Don Fernando proclama che quel gesto è una volontà del Re che mette definitivamente fine alla tirannia di Don Pizarro. Il governatore viene subito arrestato e scortato dalla guardia proprio nella cella del suo acerrimo nemico per esservi rinchiuso a vita. Leonore scioglie le catene di Florestan e i due si riabbracciano felici, mentre tutti gloriano la forza dell’amore coniugale e di Leonore, sposa dall’animo coraggioso che ha saputo trarre in salvo il suo sposo.